En 2012, l'école a 57 ans.

Située à deux pas du quartier latin, l'école a été créée en 1955, sur les lieux mêmes où Edouard Branly, Professeur de Physique à l'Institut Catholique de Paris (au 21 rue d’Assas), découvrait en 1890 les radioconducteurs qui allaient conduire à l'invention de la T.S.F ; l'ISEP accueille d’ailleurs, en plus des laboratoires de l'ISEP, le Musée Branly.

A l'origine ISEP était l'acronyme de "Institut Supérieur d'Electronique de Paris". Cette déclinaison a été abandonnée depuis 2009, le mot  "Electronique" étant réducteur. Aujourd'hui l'ISEP affiche sa « marque » et ses spécificités : informatique, télécommunications, traitement du signal et image, électronique, systèmes embarqués et management.

Le diplôme de l'ISEP est reconnu depuis 1960 par la Commission des Titres d'Ingénieur ; en 1969, l'école s'associe à 19 autres grandes écoles (elles sont 27 aujourd’hui) du secteur privé catholique au sein de la FESIC (Fédération d'Ecoles Supérieures d'Ingénieurs et de Cadres). En 1971 elle est reconnue par l'Etat.

L’ISEP forme chaque année 200 Ingénieurs issus pour moitié environ de ses propres classes préparatoires, pour moitié environ des classes préparatoires aux Grandes Ecoles et d'IUT pour 10% d'entre eux, depuis 2004.